Un apuesto joven llamado Tenjo Utena se traslada a la distinguida Academia Ohtori. Pero la verdadera identidad de Utena es en realidad una chica, que debido a cierto evento de su pasado, ha decidido travestirse para cumplir las más altas ambiciones. Pero en la Academia Ohtori se reencuentra nada menos que a su antiguo amante, Kiryuu Touga, quien lleva la Marca de la Rosa en su dedo, que es el signo de un duelista. Debido a que posee exactamente el mismo anillo, Utena es desafiada por el vicepresidente del cuerpo estudiantil, Saionji Kyouichi, a un duelo en el jardín de rosas flotante. El motivo de este duelo no es otro que la adquisición del cuerpo de la “Novia de la Rosa”, pues con ello viene el “poder de revolucionar el mundo”.